クリア後のしろじい探し
ストーリーをクリアしてエンディング後にセーブした後、そのデータをロードすると、からっぽ島のビルダー城から再開する。まずは『やまびこのふえ』を使って声の主を探すことになる。
『やまびこのふえ』を吹くと、山頂の神殿付近に向かって音符が出現する。たどっていくよりも、山頂へワープした方が早いだろう。
山頂付近で『やまびこのふえ』を吹くと、壁の中に反応していることが分かる。音符が示す壁を掘り進めていくと、目的のものが見つかる。
壁の奥でしろじいを発見。話しかけると神殿へ移動し、そこで『ビルダーハンマー』のレシピを習得できる。
しろじい救出後の変化
しろじい救出後は再び開拓ができるようになるほか、以下のような変化が起こる。
住人めいぼ
- シドーを同行させたり外したりできる。
- モンゾーラ島、オッカムル島、ムーンブルク島に残っている住人（名前のあるキャラクターのみ）をからっぽ島へ異動できる。
- 住人を出身地の島へ戻すことができる。
新エリア
- 新しいそざい島（ザブザブ島、マガマガ島、ヤミヤミ島）が出現する。
- かいたく島へ行ける。
- 監獄島、破壊天体シドーの住人と再会できる（こちらを参照）。
新システム
- ビルダーハートとアイテムを交換できる（かいたくレシピを30以上達成した後）。