Disc3
エスタ到着前
ママ先生との再会
- [イデアの家] : イデアの話を最後まで聞く
- [バラムガーデン] : 保健室のリノアの横へ行く
- バラムで「格闘王003」を入手できる
- Disc3になってからバラムで特定の手順（入り口の女性、およびディンお母さんと話してからホテルに宿泊）を踏むと、ゼルと三つ編みの図書委員の会話が始まり、「格闘王003」をもらえます。
ラグナ編（Disc3: 1回目）
- [トラビア渓谷] : ルブルムドラゴンを倒す
エスタへの道
- [イデアの家] : イデアから「魔女のてがみ」を受け取る
- [白いSeeDの船] : 白いSeeDのリーダーと話す
- [バラムガーデン] : 保健室へ行く
- [F.H.] : エスタ大陸へ渡る
- [大塩湖] : アバドンを倒す
- [謎の建造物] : エレベーターで上昇し、扉を開ける
- 白いSeeDの船のアイテムを回収
- 白いSeeDの船では、ワッツに「となりのカノジョ」を無料で渡すとアイテムやカードがもらえます。また、「ティンバー・マニアックス」も落ちているので、リーダーと話す前に読んでおきましょう。
- エスタへ行く前に
- 白いSeeDの船でリーダーと話した後、バラムガーデンの保健室へ行く（またはF.H.に着陸する）と、スコールがリノアを背負ってエスタへの道を歩き始めます。このイベントが起こった後は、白いSeeDの船には入れなくなり、エスタ大陸以外の場所にもしばらく行けなくなります。ここまでのチャートでやり残したことがあれば済ませておきましょう。
ラグナ編（Disc3: 2回目）
- [ルナティックパンドラ研究所] : オダイン博士を問い詰める
- [エスタ] : 魔法研究所でエルオーネを発見する
- 「月刊武器創刊号」を入手できる
- ラグナ編のルナティックパンドラ研究所では、エントランスの床に「月刊武器創刊号」が落ちています。エスタでも50000ギルで販売されていますが、ここで拾っておけば購入する必要はありません。スコール編のルナティックパンドラ研究所では手に入らないので注意。
エスタ到着後
飛空艇ラグナロク入手前
- [エスタ] : オダイン博士と会話
- [ルナゲート] : パーティを2つに分ける
- [エスタ] : ルナティックパンドラへ潜入
- [ルナティックパンドラ] : ロボットに吹き飛ばされる
- [ルナサイドベース] : リノアを救出
- [飛空艇ラグナロク] : プロパゲーターを全滅させてコクピットへ入る
- [飛空艇ラグナロク] : 客席でゼルチームと合流
- ルナゲートへ行く前に「オカルトファンIV」を入手
- エスタでは大統領補佐官と話した後、大統領秘書と話すと、「オカルトファンIV」を入手できます。このアイテムはルナゲートを訪れた後は入手できなくなるので、アイテムコレクターは忘れずにチェックしておきましょう。大統領補佐官、大統領秘書の居場所はこちらを参照。
- ティアーズポイントに立ち寄っておく
- ルナゲートを訪れる前に、その南のティアーズポイントにも立ち寄っておくと、「ソロモンの指輪」を安全に入手することができます。飛空艇ラグナロク入手後にティアーズポイントを訪れた場合、モンスターが出現するようになっているので注意。
- 飛空艇ラグナロクで世界各地へ
- 飛空艇ラグナロク入手後は、バラムガーデンでは行けなかった高台や、海岸のない島などに着陸できるようになります。G.F.を入手するなら、海洋探査人工島やサボテンダーアイランド（セントラ大陸東端）をチェックしておきましょう。また、オーベール湖のイベントもすべてクリアできるようになるほか、コヨコヨにも出会えるようになります。
飛空艇ラグナロク入手後
- [エスタ国立魔女記念館] : リノアを取り戻す
- [イデアの家] : 花畑でリノアと会話
- [ルナティックパンドラ] : サイファーを倒す
- サイファーを倒す前に
- 飛空艇ラグナロク入手後に攻略するルナティックパンドラでは、制御室でサイファーを倒すとDisc3が終了します。Disc4になると、ワールドマップ上の多くの場所へ入れなくなるため、やり残し（特にCC団との対決と「ショップ呼び出し」のリストは要チェック）がないか、十分に確認しておきましょう。