ミッション
各ステージには「ミッション」と呼ばれるものがあり、赤コイン、スペシャルフラワー、スターのお守りのそれぞれを最大数持ってゴールすればミッションクリアとなります。
ゲームをクリアするだけならばただゴールすれば十分ですが、スペシャルコースまで含めて完全なクリアを目指す場合は、ミッションをクリアする必要があります。
ミッションクリアに必要なアイテム
- 赤コイン（20枚）
- 普通のコインの中に紛れている赤いコイン。たまに氷の中に入っていたり、紫色のタマゴから取り出して入手する場合もあります。各ステージの決まった場所に全部で20枚あります。
- スペシャルフラワー（5個）
- マーガレットとスマイルマークを合わせたようなデザインの花のアイテム。各ステージの決まった場所に全部で5個あります。
- スターのお守り（30個）
- ハテナ雲、中間リング、赤いタマゴなどから手に入ります。赤コインやスターのお守りと違って、各ステージで入手できる数は決まっていません。
ミッションをクリアすると？
各ワールドの1～8のステージのミッションをすべてクリアすると、そのワールドのスペシャルコースを遊べるようになります。そのワールドの中で最も難易度の高い上級者向けのステージなので、ぜひ挑戦してみましょう。
ミッションをクリアするコツ
ミッションは分割クリアも可能
シリーズ前作の『ヨッシーアイランド』や『ヨッシーアイランドDS』では、1回のプレイで3つのアイテム（赤コイン、スペシャルフラワー、スターのお守り）をすべて集めてゴールする必要がありましたが、今作『ヨッシーNewアイランド』では、数回のプレイに分けて入手することも可能です。
同時にクリアするのが難しい場合は、1回目のプレイで赤コイン20枚、2回目のプレイでスペシャルフラワー5個、3回目のプレイでスターのお守り30個というように、ミッションを分割してクリアしていくこともできます。
スターのお守り対策は赤いタマゴが便利
赤コインやスペシャルフラワーは一度入手すれば減ることはありませんが、スターのお守りはダメージを受ければ減ってしまいます。スターのお守りを補充したいけれど、もうゴール手前でスターを入手できる場所もないようなとき、救済措置になるのが赤いタマゴです。敵に当てればスターのお守りが2個出てくるため、赤いタマゴをいくつか持っておけば、多少ダメージを受けてしまっても、スターのお守りを補充できるチャンスがあります。赤いタマゴの簡単な入手方法は、テクニックを参照。