ゲームの進め方
ワールドとステージについて
『ヨッシーアイランド』には全部で6つのワールドがあり、各ワールドは8つのステージで構成されています。ステージ1をクリアするとステージ2に入れるようになる、という一本道のシンプルな進み方です。ワールドやステージをスキップできるワープゾーンのようなものはありません。
エンディングを迎えるためには、すべてのステージ (スペシャルとひみつステージを除く) をクリアしなければなりません。なお、すべてのステージは1度クリアした後でも繰り返しプレイすることができます。
ボスステージについて
各ワールドの4番目と8番目のステージは、ボスがいる城や砦などです。これらのステージには通常のゴールがなく、ボスを倒すことでクリアとなります。厳密には、4番目のステージにいるのが中ボス、8番目のステージにいるのが大ボスという扱いです。
スペシャルステージ・ひみつステージについて
各ワールドには、通常ステージのほかにひみつステージ・スペシャルステージと呼ばれるものがあります。スペシャルステージは、そのワールドのすべてのステージで100点を取ることによってプレイできるようになります。ひみつステージはGBA版で追加されたステージであり、ゲームをクリアした後にプレイできるようになります。
得点について
ステージをクリアすると、入手したアイテムによって得点が付けられます。得点はエンディングを迎えるためには関係ありませんが、スペシャルステージをプレイするためには、各ワールドのすべてのステージで100点を取る必要があります。得点の対象となるアイテムは次の3種類です。スタートボタン（GBA版ではセレクトボタン）で入手状況を確認できます。
- 赤コイン（1枚につき1点、全20枚）
- 通常のコインと混ざって隠されている赤いコインです。SFC版では通常のコインよりもやや鮮やかな色をしていますが、GBA版では取るまで見分けがつきません。
- スペシャルフラワー（1個につき10点、全5個）
- スマイルマークのマーガレットという外見のアイテムです。そのまま剥き出しで空中に浮いていることもあれば、ハテナ雲を割ったり敵を倒したりして出現する場合もあります。5個取ると1UPするほか、ゴールルーレットの当たりマークにもなります。
- スターのおまもり（1個につき1点、最大30個）
- ダメージを受けて赤ちゃんが離れてしまったときに、カウントダウン式に減っていくお守りです。ステージ開始時には10個持っていますが、ハテナ雲やチューリップから出るものを取ったり、中間リングをくぐれば10個増えるほか、ストックアイテムを使っても増やせます。
ミスすると？
穴に落ちたり、針や溶岩に触れたり、スターのおまもりが0になって赤ちゃんがさらわれた場合はミスとなり、残機が1つ減ります。ミスした場合は、それまでに入手した赤コインやスペシャルフラワーは没収となり、ワールド画面に戻されてしまいます。ただし、中間リングをくぐっていた場合は、その時点からやり直すことができます。
中間リングについて
ほとんどのステージには、中間リングという光の輪っかが設置されています。これをくぐるとスターのおまもりが10個増え、画面内の敵キャラがスターのおまもりに変化し、ステージの進行状況が一時的にセーブされます。その後ミスした場合は、中間リングをくぐった直後の時点からやり直すことが可能で、赤コインやスペシャルフラワーも、中間リングをくぐる前までに取った分は保持されます。中間リングによる一時セーブは、そのステージから出るまで有効です。
ステージを途中でやめたい場合は？
一度クリアしたステージならば、スタートボタンを押した画面でセレクトボタン（GBA版ではスタートメニューから「マップに戻る」）を押すと、ワールド画面に戻ることができます。その場合、残機は減りませんが、タマゴがなくなってしまうので注意しましょう。また、中間リングによる一時セーブも解除されます。そのステージ内で入手したコインや残機数は、SFC版では保持されますが、GBA版ではステージに入る前の状態にリセットされます。
セーブについて
ヨッシーアイランドは、ステージをクリアしたときに自動でセーブされます。GBA版では残機数・コイン数もセーブされますが、SFC版ではロード時に残機数は3、コインは0になってしまいます。ストックアイテムはSFC版・GBA版ともにセーブされます。