Disc2~3
Disc2～3では、セフィロスが使った究極の破壊魔法「メテオ」によって世界終末の危機が訪れます。クラウドはメテオ発動と同時にライフストリームに落ちて行方不明になるも、その後しばらくして本当の自分を取り戻して復帰。クラウドたちと神羅はセフィロスという共通の敵を持ちながら一向に仲良くならず、各地でヒュージマテリア争奪戦を繰り広げることになります。エアリスが残した究極の白魔法「ホーリー」を発動させるため、クラウドたちは星の体内でセフィロスとの最終決戦に挑みます。
メテオ発動前
北の大陸（アイシクルエリア）
- [忘らるる都] : サンゴの谷洞窟を抜ける
- [アイシクルロッジ] : スノーボードで雪原を越える
- [大氷河] : 北側へ抜ける
- [ガイアの絶壁] : ツインヘッドを倒して最上部まで登る
- [竜巻の迷宮] : ジェノバ・DEATHを倒して奥へ進む → メテオ発動
- メテオ発動前しか入れないダンジョン
- メテオ発動後はガイアの絶壁、竜巻の迷宮ともに入れなくなります。ガイアの絶壁にある「ジャベリン」「リボン」、竜巻の迷宮にある「バハムート改」「MPターボ」「ポイズンリング」は忘れずに入手しておくこと。また、大氷河でも貴重なアイテムやマテリアを入手できるので、今のうちに入手しておいた方が有利になります。
メテオ発動後
- メテオ発動で起こる世界の変化
- メテオ発動後は一部のショップの品揃えが変化します。コスタ・デル・ソルではマテリア穴8個で性能も高い装備品を購入することができます。なお、クラウドが復帰するまでゴールドソーサーは使えなくなります。
クラウド復帰前
- [神羅ジュノン支社] : バレット、ティファを操作して飛空艇へ進む
- [ハイウィンド] : 仲間と会話後、パイロットに話しかける
- [ミディール] : 治療所に入る → ティファが抜けてシドがリーダーになる
- [コレル山] : ヒュージマテリア争奪戦を行う（※）
- [コンドルフォート] : ヒュージマテリア争奪戦を行う（※）
- [ミディール] : ライフストリームでのイベント → クラウドが復帰
※4と5はどちらを先に攻略してもよい。
- ゴールドソーサーが営業再開
- クラウド復帰後はゴールドソーサーが再開します。
クラウド復帰後
- [ジュノン空港] : エレベーターから海底魔晄炉へ進む
- [海底魔晄炉] : ヒュージマテリア争奪戦を行う
- [ロケット村] : ヒュージマテリア争奪戦を行う
- [コスモキャニオン] : ブーゲンハーゲンに話しかける
- [海底] : 古代種の鍵を入手
- [忘らるる都] : 祭壇で古代種の鍵を使う
- [ミッドガルエリア] : ダイヤウェポンを倒す（インターナショナル/PC版）
- [魔晄キャノン] : 極限生命体宝条NAを倒す → Disc2終了
- [大空洞] : セフィロスを倒す → エンディング
- アルテマウェポンと戦える
- クラウド復帰後はワールドマップ上空をアルテマウェポンが飛び回るようになり（初期位置はジュノンエリアのクレーター）、特定の位置で止まっている時に飛空艇で接触すればバトルになります。アルテマウェポンを倒した後は古えの森へ徒歩で行けるようになります（山チョコボなどを使えばアルテマウェポンを倒さなくても行けます）。
- 隠しエリアを探索
- シナリオには関係ないものの、攻略すれば貴重なアイテムやマテリアを入手できる隠しエリアがあります。上述の古えの森の他、コスタ・デル・ソル近くの海底に沈んでいる神羅飛空艇、コレル山入口近くの海底から行けるルクレツィアのほこら、特殊チョコボに乗らないと入れないマテリアの洞窟がそれに当たります。
- 追加ウェポン2体と戦える（インターナショナル/PC版）
- インターナショナル/PC版では、アルテマウェポンを倒した後1回以上バトルすると、コレルプリズン周辺の砂漠にルビーウェポンが出現し、飛空艇で赤い物体に接触するとバトルになります。また、潜水艦入手後はジュノン近くの海底でエメラルドウェポンと戦えます。どちらもラスボスをはるかに上回る究極のボスなので、ゲームクリア後に挑戦するとよいでしょう。